Főkép A 17. század elején a katolikus vallás elterjedt és kedvelt volt Japánban. Aztán egy hirtelen politikai-gazdasági váltás után betiltották, a követőit pedig üldözni kezdték. A legtöbb külföldi, elsősorban portugál pap, ekkor örökre elhagyta az országot. Néhányan azért maradtak, köztük a leghíresebb, az egyik első missziót vezető Ferreira, akivel az egyház rövid ideig, levelek útján még kapcsolatban tudott maradni, ám hirtelen ő is eltűnt. Az utolsó hír az volt róla, hogy feladta a hitét és a japánok szolgálatába állt.
 
Itt kezdődik a történet. Ferreira egykori tanítványa, Rodrigues atya és néhány társa képtelenek elfogadni, hogy a hír igaz, ezért engedélyt kérnek, hogy Japánba utazzanak és kiderítsék az igazságot. Ebben az egyetlen segítségük a száműzött japán, Kicsidzsiró lehet.
 
Hosszas utazás után az atya és társai megérkeznek Japánba és néhány helyi keresztény segítségével téríteni kezdenek, ám mindenütt a szelíd papok számára szinte felfoghatatlan kegyetlenséggel és szegénységgel találkoznak.
 
Rodrigues gyorsan felfogja, hogy a keresztény hit fennmaradása az országban egyedül tőle függ, és néha riadtan, néha örömmel fogadja, hogy az ő sorsa szinte párhuzamos Jézus sorsával. Az események aztán hirtelen rosszra fordulnak, ami miatt Rodriguesnek élete legkeményebb hitbéli próbáját kell kiállnia.
 
Endo e könyvben nem kevesebbre vállalkozik, mint hogy bemutassa a kereszténység és általában a hit természetét, és azt, hogy ezek mit tudnak adni egyetlen embernek. Emellett arra is választ keres, hogy mit kíván, mit várhat el Krisztus egy egyszerű földi halandótól. S a szerző mindezt oly módon teszi, hogy az közérthető legyen a más vallásúak (elsősorban a buddhista japánok) és a nem hívők számára is. Bár az író mélyen hívő katolikus, egyetlen pillanatig sem didaktikus a regénye, és sem a keresztényeket nem kívánja egyértelműen jónak beállítani, sem a „pogányokat” nem állítja be vérszomjas vadállatoknak.
 
A könyv címe, a Némaság Isten szótlanságára utal. Hiszen még egy hívő lélek számára is nehezen felfogható, hogy egy kegyelmes isten hogyan maradhat néma, amikor a híveit halomra ölik és kegyetlenül kínozzák. Kérdés volt ez a 17. században, és kérdés volt ez Endo számára is nem sokkal a Hirosima és Nagaszaki elleni atomtámadások után. Kérdés ez ma is. A kitűnő japán író válaszát pedig mindenki megkaphatja, aki elolvassa ezt a könyvet.